國內現在普遍選擇磷酸鐵鋰作為動力型鋰離子電池的正極材料，但磷酸鐵鋰電池在不容忽視的根本性缺點，歸結起來主要有以下幾點：
1、在磷酸鐵鋰製備時的燒結過程中，氧化鐵在高溫還原性氣氛下存在被還原成單質鐵的可能性。單質鐵會引起電池的微短路，是電池中最不能存在的物質。
2、磷酸鐵鋰存在一些性能上的不足，如振實密度與壓實密度很低，導致鋰離子電池的能量密度較低。低溫性能較差，即使將其納米化和碳包覆也沒有解決這一問題。
3、材料的製備成本與電池的製造成本較高，電池成品率低。磷酸鐵鋰的納米化和碳包覆儘管提高了材料的電化學性能，但是也帶來了其它問題，如能量密度的降低、合成成本的提高、電極加工性能不良以及對環境要求苛刻等問題。
4、產品一致性差。從材料製備角度來說，磷酸鐵鋰的合成反應是一個複雜的多相反應，有固相磷酸鹽、鐵的氧化物以及鋰鹽，外加碳的前驅體以及還原性氣相。在這一複雜的反應過程中，很難保證反應的一致性。
5、智慧財產權問題。磷酸鐵鋰的基礎專利被美國德州大學所有，而碳包覆專利被加拿大人所申請。這兩個基礎性專利是無法繞過去的，如果成本中計算上專利使用費的話，那產品成本將會進一步提高。
此外，從研發和生產鋰電池的經驗來看，日本是鋰電池最早商業化的國家，並且一直佔據著高端鋰電池市場。即使是在美國，利用磷酸鐵鋰和錳酸鋰作為動力型鋰電池正極材料的廠家也是各占一半，聯邦政府也是同時支持這兩種體系的研發。鑒於磷酸鐵鋰存在的上述問題，很難作為鋰電池的正極材料在新能源汽車等領域獲得廣泛應用。
